Die Naturwissenschaften haben am Gymnasium Altona eine lange Tradition und bilden deshalb einen besonderen Schwerpunkt. Damit die Schüler ein breites Grundwissen erwerben, werden im Fach Biologie auch chemische, physikalische und mathematische Aspekte behandelt. Die Schüler/innen mikroskopieren, beobachten und zeichnen, wobei der Unterricht Praxisorientierung mit Methodenkompetenz zu verbinden sucht (Ausstellungen, Präsentationsmappen, Referate, Powerpoint). 

Der Physikunterricht beginnt an unserer Schule mit der 7. Klasse. Das Universum im Großen kennen zu lernen ist Bestandteil des Unterrichts von Beginn an. Doch natürlich widmen wir uns neben der Erforschung des Weltalls auch den kleinsten Bausteinen, aus denen wir bestehen, den Kristallen, Molekülen und Atomen.

Ab der achten Klasse haben die Schülerinnen und Schüler die Möglichkeit, sich vom Fach Chemie faszinieren und begeistern zu lassen. 

Das Naturwissenschaftliche Praktikum spricht insbesondere solche Schülerinnen und Schüler an, die sich den naturwissenschaftlichen Fächern intensiver, selbstständiger und praxisorientierter zuwenden wollen. Die im Fachunterricht erworbenen Kompetenzen werden im Wahlpflichtbereich erweitert, vertieft und gefestigt, indem wissenschaftliche und anwendungsbezogene Fragestellungen erschlossen werden.